(1)部分企業需進一步淘汰落后產能
　　我國檸檬酸行業經過幾年的發展，生產水平有了很大的提升，但部分企業生產規模較小，技術、裝備水平均相對落后，生產過程產污量污染物治理效果差，且環保與節能減排意識不強，影響污染物穩定達標排放。有些企業在工程設計的時候，沒有充分考慮節能降耗和污染治理問題，廠房、水、電、汽、熱等系統設計不規范，增大了節能減排的難度；一些企業污染治理設施老化，排水不能做到長期穩定達標；一些企業基礎計量設施和專業人員配備不完善，未實現三級計量，配備的環保人員也缺乏應有的培訓和管理，導致環保設施運行較差。
　　(2)提取技術與國際先進水平存在差距
　　我國檸檬酸行業在菌種、發酵技術、污水處理及廢棄物綜合利用技術等方面已處于國際先進地位，但在提取技術上與國際先進水平相比還存在一定差距，如國內分離提取工藝大部分采用鈣鹽法，產污強度高，而國外則采用色譜分離提取工藝，有效成分損失少，能耗較低。目前我國色譜分離技術中的部分核心技術來源于國外，成本相對較高，這也成為制約推廣的主要因素。
　　(3)資源利用深度不夠，產品附加值較低
　　在檸檬酸生產過程中其資源綜合利用深度不夠，產業鏈較短，產品附加值較低。目前一些發達國家原料利用率已達到99％，而我國平均水平在95％。大部分檸檬酸生產企業都是以玉米為原料進行發酵生產的，原料中30％的非淀粉副產物全部加工成飼料出售，深度加工不高。
　　(4)固體廢棄物未能完全綜合利用
    因國內檸檬酸分離提純工藝大都采用鈣鹽沉淀法，在檸檬酸生產過程中要消耗大量的硫酸和碳酸鈣，產生大量廢水、固體硫酸鈣廢渣。在污水治理方面，目前國內絕大部分檸檬酸生產企業均已投資建設污染治理設施，使廢水能夠達到排放標準要求。但在檸檬酸生產過程中還產生了大量硫酸鈣廢渣，行業內少部分企業對硫酸鈣不能做到完全綜合使用，只能長期堆放或填埋，對環境造成一定危害。
　　(5)低端產品占主導，高檔產品開發不夠
　　我國檸檬酸產品主要以低端產品占主導，高檔產品開發不夠，導致國內檸檬酸價格偏低。面對日趨激烈的市場競爭，生產企業應加大技術投入，向下游開發高檔次產品。如無水檸檬酸具有不結塊、利于運輸、貯存和使用等特點，國外近年來對無水檸檬酸需求增長迅速，是檸檬酸產品的發展方向之一。此外，我國檸檬酸深加工產品品種少，不及國外的一半。目前美國藥典已經收錄的檸檬酸下游產品有檸檬酸鈣、檸檬酸鐵、檸檬酸氫二胺、檸檬酸鐵銨、檸檬酸鋅等。這些產品在國內的生產和應用已經起步，我國企業應借此契機向精細化、多元化、系列化方向發展。
　　(6)產品依賴出口
　　檸檬酸產能的快速擴張加劇了市場競爭，也加快了市場整合，生產迅速向大企業集中。我國最多時有上百家企業生產檸檬酸，平均產能僅為幾千噸?，F在生產企業為20余家，然而這種產能快速發展對企業和市場都產生影響。首先是嚴重依賴出口，2002年，我國檸檬酸出口達28萬t，出口量占產量比例為72％，2006年出口量57．1萬t，出口比例為79．3％，2010年出口85．1萬t，出口比例為86．8％，出口比例逐漸增大。近年來，能源、化工原料、糧食等價格大幅上漲，人工、環保等費用也有較大上升，但由于檸檬酸市場競爭過度，出口價格上升幅度遠遠不及成本上升幅度，給企業經營造成很大困難。